L’actual Àrea protegida de les Illes Medes forma part de l’espai de la Xarxa Natura 2000 anomenat El Montgrí, d’acord amb la Directiva d’Hàbitats (Directiva 92/43/CEE). A més, forma part de la llista de zones especialment protegides i la diversitat biològica a la Mediterrània (ZEPIM) des de desembre de 2001. Aquesta pertinença, obliga a les parts signants a establir mesures de conservació i millora del patrimoni natural d’aquestes zones així com l’adopció en aquestes zones de mesures de planificació, ordenació, supervisió i vigilància.
A l’any 2010 s’aprova al Parlament de Catalunya la Llei 15/2010 la protecció del Parc Natural del Montgrí, Baix Ter i Illes Medes. Aquesta llei regula quines activitats són aptes i quines no amb l’objectiu de mantenir protegit l’entorn marí de les Illes per la seva alta vàlua faunística i florística. Una de les activitats que es regulen, amb l’objectiu de conservar els elements que configuren el patrimoni natural de la zona protegida, són les que exerceixen els centres d’immersió.
L’entitat ecologista gironina, veu indicis de mala praxis per part d’alguns centres d’immersió a la reserva natural parcial de les Illes Medes, fet que posa en perill la integritat dels valors naturals de l’entorn marí.
Segons la denúncia presentada, demana a la Fiscalia que investigui si es compleix el número d’immersions màximes permeses, que segons l’article 19 del Pla Rector d’Ús i gestió de l’Àrea Protegida de les Illes Medes, és de 400 llicències diàries. En la mateixa denúncia, l’ANG sol·licita que la fiscalia comprovi si s’han tramitat sancions per aquestes possibles irregularitats.
Finalment, l’entitat posa de relleu que la regulació existent té l’objectiu de protegir, preservar i administrar de manera sostenible i ambientalment racional zones de valor natural o cultural especial, particularment mitjançant l’establiment de zones protegides així com a protegir, preservar i ordenar les espècies de flora i fauna amenaçades o en perill. La hiperfreqüentació de les zones pot malmetre aquests valors; per tant, cal estudiar si s’ha incomplert la normativa.